Ο Κωνσταντίνος Μαρκάκης γεννήθηκε στο Ρέθυμνο Κρήτης το 1958. Σπούδασε στο Πανεπιστήμιο Ιταλίας “University of Palermo” στο τμήμα της Γεωπονικής. Στη συνέχεια,  για περίπου 30 χρόνια εργάστηκε στο Υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων στο τμήμα Φυτοπροστατευτικών προϊόντων στη θέση σχεδιασμού πολιτικής Γεωργικών Φαρμάκων. Ειδικότερα, εκπροσώπησε την Ελλάδα στις συνεδριάσεις την Μόνιμης Επιτροπής για τα Φυτοπροστατευτικά προϊόντα (SCoPAFF). Έχει άριστη γνώση Αγγλικών και Ιταλικών.